La Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO) es un organismo intergubernamental, regional y autónoma, surgido en 1957 por iniciativa de los gobiernos de América Latina y el Caribe en cooperación con la Organización de las Naciones Unidas para la Ciencias y la Cultura (UNESCO) con el propósito de impulsar la docencia y la investigación en ciencias sociales en la región y contribuir desde su especificidad académica al desarrollo y la integración de las naciones que la componen.

La Sede inicial de la FLACSO fue Santiago de Chile desde donde jugó un papel trascendental para las ciencias sociales, primordialmente a través de un programa de posgrados en Sociología y Ciencias Políticas a los que concurrían estudiantes y profesores de los diferentes países de América Latina y el Caribe. El Año de 1973, como consecuencia de la interrupción del orden constitucional en ese país, la Facultad fue obligada a interrumpir sus actividades., En vista de ello, se replantó la concepción estructural, y la Asamblea General de la FLACSO celebrada en Quito dio forma a un proceso progresivo de descentralización que a través de la localización de diversas unidades en distintos países ampliará su presencia geográfica, la acercara a las diversas realidades específicas y le garantizara su permanencia como organismo regional intergubernamental.

Las actividades académicas de FLACSO en El Salvador se iniciaron en mayo de 1992, a través de proyectos específicos de la Secretaria General. En diciembre de ese año el Comité Directivo las formalizó y estructuró como Proyecto, para que posteriormente, en junio de 1994, éste se convirtiera en una unidad de carácter permanente con las características que el Acuerdo de la FLACSO y sus reglamentos señalan para los Programas. El ámbito de las actividades de FLACSO El Salvador es la subregión centroamericana, privilegiando la acción coordinada con las unidades académicas de la FLACSO en Costa Rica y Guatemala. De igual manera FLACSO El Salvador ha tenido como norma la colaboración con universidades y centros académicos nacionales y extranjeros, con intereses y agendas de investigación compartidos.

La presencia de FLACSO en El Salvador, se estableció en el momento de la firma de la paz y el inicio de la transición, y ello influyó fuertemente las prioridades institucionales en términos de actividades y de temas a abordar. En este sentido, durante los años de ejecución de los Acuerdos de Paz, FLACSO figuro entre las principales instituciones que estimularon al debate político y académico sobre los temas y problemas de la transición.

Hasta 1995 FLACSO concentró su presencia pública en actividades de proyección o extensión académica y capacitación y docencia no formal. Así, buena parte de su trabajo estuvo asociado a la realización de foros, conferencias, cursos cortos y talleres de discusión dirigidos a organizaciones gubernamentales y ONG´s; partidos políticos, centros de investigación y docentes universitarios.

A partir de 1996, se inició un proceso de fortalecimiento del área de investigación académica y se dieron algunos pasos orientados a formalizar las actividades docentes. Así, en la segunda mitad de los años noventa FLACSO- El Salvador asumió más un perfil de instituto de investigación y su actual reconocimiento se encuentra más en este escenario. En lo que a las actividades de docencia corresponde, la actividad más importante iniciada en 1999 es el esfuerzo coordinado de las tres unidades FLACSO en Centroamérica para estructurar e impulsar un Programa Centroamericano de Post-grado orientado a desarrollar una maestría y un doctorado en Ciencias Sociales. Con todo, el estatus jurídico de la FLACSO en el país le inhibe de funcionar como una Institución de educación superior y su aporte al programa es servir de unidad académica para estancias de investigación de estudiantes de ambos niveles.

Adicionalmente a las actividades de investigación y docencia, la FLACSO El Salvador ha intentado incrementar su proyección institucional y su posicionamiento como una institución académica con capacidad de incidencia. En tal sentido, la proyección institucional esta ahora vinculada a una mayor difusión y socialización de nuestros productos y de nuestra agenda de investigación, así como a la activa búsqueda de proyectos que permitan incidir en la formulación y aplicación de soluciones a los problemas sociales

Misión

Producir y difundir conocimientos sobre la realidad social para promover el desarrollo de la sociedad salvadoreña y centroamericana, a través de la investigación y formación en ciencias sociales, y el apoyo a la formación de política publica en el área social.

Vision

Llegar a ser una institución de referencia en ciencias sociales reconocida por la calidad de su trabajo en investigación  y formación, y por su capacidad propositiva, en áreas relevantes de la política social de la región Centroamericana, financieramente sostenible y organizativamente operativa.